Энди Вачовски работает в паре со своим старшим братом Ларри Вачовски. Братья — бывшие плотники — впервые появились в кино как сценаристы в фильме «Наёмные убийцы» (1995), затем как режиссёры и продюсеры в 1996 с фильмом «Связь» и через три года потрясли мир революционными идеями и спецэффектами «Матрицы» (1999), удостоенной четырёх «Оскаров» — за лучшие визуальные эффекты, лучший монтаж, лучший звук, лучший монтаж звуковых эффектов.
Вселенная «Матрицы» получила продолжение в двух сиквелах «Матрица: перезагрузка» (2003) и «Матрица: революция» (2003), хорошо принятых зрителями и критикой, однако оба фильма были нарочито проигнорированы официальным окологолливудским киносообществом, что после шумихи вокруг первой картины свидетельствовало о намерениях сообщества наказать братьев за некую неслыханную дерзость.
Тем не менее, трилогия «Матрица» до сих пор остаётся признанной, непревзойдённой и постоянно цитируемой вехой в развитии киноиндустрии, а многочисленными киноцитатами из неё стали как визуальные эффекты — находки Вачовски-режиссёров, так и сценарные ходы и реплики — изобретения Вачовски-сценаристов.
Известно, что в свой контракт на создание сиквелов «Матрицы» Вачовски включили условие, что они не обязаны устраивать пресс-джанкеты, интервью, фотосессии и другие мероприятия в целях промоушена. Их требованием было, чтобы фильмы говорили сами за себя.
Сценарий братьев Вачовски под названием "Carnivore" был включён журналом Empire в список «12 величайших неснятых сценариев Голливуда». Этот сценарий до сих пор не экранизирован.
После «Матрицы» Вачовски спродюсировали анимационный цикл — коллекцию новелл, снятых известными мастерами аниме, в которой показана предыстория вселенной Матрицы — «Аниматрица» (2003), в этом проекте братья также выступили сценаристами нескольких новелл. Затем сняли футуристический антиутопический кинокомикс «V значит Вендетта», а в 2008 году вышел «Спиди гонщик», прекрасно встреченный фанатским сообществом, но не собравший большой кассы в прокате.
После долгого перерыва Вачовские и присоединившийся к ним Том Тыквер вместе поставили сложносочинённую фантастическую драму «Облачный атлас» по роману Дэвида Митчелла. Филигранный концепт из множества параллельных реальностей и сюжетов вызвал восторг критиков и киноманского сообщества, но простым зрителем был встречен со смешанным чувством.
